Ngày 22 tháng 5 năm 2019, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 5845/BTC-TCHQ giải đáp vướng mắc xử lý thuế đối với phế liệu, phế phẩm tạo ra từ quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu chuyên tiêu thụ nội địa. Theo đó,
1. Giai đoạn từ 1/09/2016 (ngày Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 có hiệu lực) đến trước ngày 05/06/2018 (ngày Thông tư số 39/2018/TT-BTC có hiệu lực):
Đối với phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu chuyển tiêu thụ nội địa, doanh nghiệp đã thực hiện kê khai nộp thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) với cơ quan thuế thì không phải kê khai, điều chỉnh lại với cơ quan hải quan.
Khi quyết toán việc quản lý, sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu theo quy định của pháp luật về hải quan, doanh nghiệp có trách nhiệm xuất trình bản kê khai phế liệu, phế phẩm, chứng từ nộp thuế với cơ quan thuế cho cơ quan hải quan để thực hiện thanh khoản.
Trường hợp doanh nghiệp chưa kê khai và nộp đủ các loại thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có) với cơ quan thuế trong giai đoạn này thì phải kê khai bổ sung và nộp thuế cho cơ quan hải quan theo quy định tại Khoản 49, ĐIều 1, Thông tư 39/2018/TT-BTC.
2. Giai đoạn kể từ ngày 05/06/2018 (thời điểm Thông tư 39/2018/TT-BTC có hiệu lực) trở đi: thực hiện theo quy định tại Khoản 49, Điều 1, Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính.
Phế liệu, phế phẩm thu được trong quá trình sản xuất hàng xuất khẩu khi bán, tiêu thụ nội địa được miễn thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai, nộp thuế GTGT, thuế TTĐB (nếu có), thuế bảo vệ môi trường (nếu có) và gửi đến cơ quan hải quan thông qua Hệ thống theo chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 04 Phụ lục IIa ban hành kèm Thông tư này. Trường hợp thực hiện trên hồ sơ giấy, người khai hải quan khai theo mẫu số 06/BKKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư Thông tư 39/2018/TT-BTC.
Đối với xử lý phế thải, tổ chức, cá nhân thực hiện theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường. Tổ chức, cá nhân có trách nhiệm ghi chép sổ sách chi tiết, xuất trình cho cơ quan hải quan khi kiểm tra.