Theo đó, trường hợp khách hàng nước ngoài thanh toán tiền hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu cho doanh nghiệp Việt Nam qua ngân hàng bằng hình thức thư tín dụng (L/C), nhưng thực tế chứng từ thanh toán qua ngân hàng của ngân hàng phục vụ doanh nghiệp Việt Nam thể hiện tài khoản ngân hàng phía nước ngoài chuyển tiền thanh toán không phải là tài khoản ngân hàng của khách hàng nước ngoài hoặc tài khoản ngân hàng của bên thứ ba là tổ chức, cá nhân ở nước ngoài thực hiện thanh toán theo ủy quyền của khách hàng nước ngoài thể hiện trên hợp đồng xuất khẩu (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng – nếu có) có liên quan theo hướng dẫn tại Điều b.3 Khoản 3 Điều 16 Thông tư số 219/2013/TT-BTC thì chứng từ thanh toán qua ngân hàng này không đủ điều kiện được xét khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.