Soudní dvůr Evropské Unie na straně daňových subjektů

V roce 2016 započal Finanční úřad pro Středočeský kraj daňové kontroly na několik zdaňovacích období u společnosti AGROBET CZ, s.r.o., a to za účelem prozkoumání splnění podmínek pro nárokování nadměrného odpočtu. Daňová kontrola byla zaměřena pouze a výlučně na specifické transakce týkající se řepkového oleje. Ostatní transakce nebyly ze strany správce daně zpochybněny. V důsledku zahájení daňové kontroly byla však společnosti zadržen vykázaný nadměrný odpočet v plné výši.

AGROBET CZ, s.r.o. podala proti zahájení těchto kontrol stížnosti, mimo jiné s tím, že zadržení celého deklarovaného nadměrného odpočtu DPH za více po sobě jdoucích zdaňovacích období je pro ni z hlediska sledovaného cíle, tj. boje proti daňovým únikům, neúměrně zatěžující, neboť pochybnosti správce daně se týkaly jen menší části tohoto nadměrného odpočtu. V této souvislosti pak společnost požádala o vyplacení nesporné části tohoto nadměrného odpočtu, tedy té jeho části vztahující se k plněním, která nebyla rozsahem těchto kontrol dotčena.

Finanční úřad pro Středočeský kraj však tyto stížnosti považoval za nedůvodné. V důsledku toho se případ dostal přes Odvolací finanční ředitelství až na Nejvyšší soud České republiky, který svým usnesením ze dne 31. května 2018 položil Soudnímu dvoru Evropské Unie následující předběžnou otázku:

Je v souladu s unijním právem, a především s principem neutrality DPH, opatření členského státu, které podmiňuje vyměření a výplatu části nárokovaného odpočtu DPH ukončením řízení o všech zdanitelných plněních v daném zdaňovací období?

Soudní dvůr Evropské Unie ve svém rozhodnutí C-446/18 v zásadě řekl, že stávající česká právní úprava je v rozporu s právem Evropské Unie, když určil, že nejenom lze nespornou část nadměrného odpočtu identifikovat, ale také že takovou část musí být nutné urychleně vyplatit daňovému subjektu.
Novela daňového řádu, která momentálně čeká na podpisu u Prezidenta, dotčená pravidla konečně uvádí do souladu s názory Soudního dvora Evropské Unie, a tedy i s unijním právem, a to díky institutu tzv. zálohy na daňový odpočet.